過關評價:B。
毒蛇與Big Boss因為重傷在醫院躺了九年，醒來之後由於受到敵人的追殺，於是兩人逃離了醫院。
Big Boss藉機返回美國控制［Foxhound］，而山貓則在［燃燒之男］的手下救下毒蛇，並且準備與毒蛇一起救出被敵人擒住的米勒。
整個故事其實就是瑟羅與山貓為了幫助Big Boss引開［XOF］的注意，所以將毒蛇作為Big Boss替身所引發的故事。
一些名詞介紹。
- ［XOF］是隸屬美國情報機構［Cipher］旗下的秘密打擊部隊，遊戲中的女狙擊手靜寂也是這個部隊的，而率領此部隊的的領導者就是骷髏臉，後由於與［Cipher］的創立者瑟羅鬧翻，所以成為了骷髏臉的個人部隊。
- Big Boss就是裸蛇，系列中每個重要角色都有一個以上的名字，其實很容易造成混淆。
12:25 - 這邊醫生已經敘述了毒蛇腦部的碎片可能導致其記憶障礙，也間接解釋了毒蛇為何如此容易遭到催眠暗示認為自己是Big Boss。
16:50 - 這邊出現的女殺手就是之後會加入的夥伴靜寂，從他與對講機中的對話可以得知，她原本的目標應該是在隔壁病床的真Big Boss，所以才會說毒蛇是［隔壁病床的病人］。
19:46 - 這邊Big Boss與毒蛇對話，是［小島秀夫］利用［白鯨記］裡面的角色名字來暗示［幻痛］的故事走向。毒蛇被叫做亞哈暗示是向白鯨復仇的人，最終也將會像［白鯨記］中的亞哈失去一切。而Big Boss被叫做伊修梅爾則代表［白鯨記］中的智者，旁觀一切不被仇恨所驅動。
米勒由於在幫忙訓練反政府遊擊軍的時候被抓住，於是毒蛇準備前去營救。
從山貓的任務介紹其實可以很明顯感受出來催眠暗示的跡象，為的就是讓毒蛇以為自己真的就是Big Boss。
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毒蛇成功救出米勒並且躲過了［骷髏部隊］的追擊。
［骷髏部隊］是隸屬［XOF］底下戰力極強的特殊兵，他們的來歷可以追朔到三代的傳奇狙擊手The End，他是一個身上帶有寄生蟲的特殊人類，只需要陽光與水就可以充滿力量，這個屬性也被靜寂所繼承，The End在與Big Boss決鬥後逝去，他的遺體被這代登場的Code Talker老頭拿去研究，之後研究成果被骷髏臉佔據，因此產生了［骷髏部隊］。
44:46 - 米勒立誓要重建九年前的那股自己曾經擁有的勢力。
救出米勒後，毒蛇開始學習建立［鑽石狗］基地。
米勒拜託毒蛇建立一支足以與［Cipher］對抗的軍隊，藉此以報九年前母基地被毀滅之仇。
00:30 - 這段劇情可以了解到米勒一直被過去的仇恨所圍繞著，心中充滿了悔恨與復仇心，個性上已經過於偏激。
為了壯大［鑽石狗］，毒蛇開始接一些髒活來獲取資金，此時受［西方陣營］的委託要消滅［蘇聯軍］的指揮官。
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毒蛇成功達成任務目標。
接著為了進一步削弱［蘇聯軍］的戰力，毒蛇接受了來自與［西方陣營］友好的［阿拉伯組織］任務，要摧毀［蘇聯軍］的通訊設備。
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在毒蛇的活躍下，這次也成功地摧毀了通訊設備。
為了持續壯大［鑽石狗］組織，毒蛇準備營救一個從［蘇聯軍］脫逃卻失風被捕的科研人員，毒蛇的義手也是這名人員研發的，如果能成功救出，應該可以為毒蛇的義手戰力增加不少。
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成功救出的科研人員擅長［仿生學］，並且已經針對毒蛇的義手提出改造的方案。
