片頭動畫。
這代主要是敘述整個生化危機的起源，故事開始在洋館事件發生之前，一列在森林中急駛的火車。
伴隨著古典的旋律，站在斷崖的白衣男子招喚水蛭怪物襲擊了火車，頓時間車內哀號聲此起彼伏，良久後無一人生還。
兩小時候............
［拉昆市］的特別警隊［S.T.A.R.S］中的［布拉弗隊］受命調查郊區的離奇殺人案件，卻因為直升機故障而緊急迫降在這危險的山區，四處調查後發現一輛囚車，負責押送犯人的士兵早已全數身亡，兇手有極大的嫌疑是押送的犯人比利。
見此情況，隊長馬上下令小隊分頭搜索犯人，但情況遠比想像複雜，孤身一人調查的蕾貝卡發現了故事開頭被襲擊的火車，車內滿是喪屍，一聞到人肉的香氣便一個接著一個撲了上來，但蕾貝卡畢竟是特殊警隊的隊員，壓住心中的恐懼，隨即突破包圍。
00:12 - 前言主要是敘述本代的主軸，解說整個故事的起源，這邊提到的三個場所：
- ［拉昆市］- 惡靈古堡二代、三代 故事發生的地方。
- ［洛克福特島］- 惡靈古堡:聖女密碼 故事發生的地方。
- ［席娜島］- 惡靈古堡:生存者 故事發生的地方。
正在搜索列車內部時，蕾貝卡遇上了嫌疑犯比利，他一身魁武、拿著手槍指著蕾貝卡，短暫的交談後，知道眼前的人是［S.T.A.R.S］的隊員，比利也沒有要為難的意思，直接轉身離開了。
但眼前可是隊長命令要逮捕的人啊，蕾貝卡想到這裡連忙追了上去，此時火車窗戶突然破裂，夥伴艾德華拖著殘命逃入了火車，臨終前告知森林中滿布著怪物、喪屍，看來要徒步離開這裡已經是不可能的。
還在思考下一步，此時無線電響起，夥伴艾利寇緊急通知查到比利手上沾有23條人命，以及曾經進過精神病院的事證，提醒蕾貝卡必須提高警覺、小心行動。
但再次相遇後，比利提議兩人暫時合作離開這裡，雖然起先還老大不願意，但蕾貝卡隨後遇上一個由水蛭凝聚而成的人型怪物，危急時刻受到了比利幫助，這讓她對眼前的男人大大改觀，遂接受了合作的邀請。
兩人此時也注意到，適才擊倒的水蛭怪物，正化整為零，慢慢凝聚在火車外的白衣男子身處，但不及細想，整列火車傳來震動，看來是有人在車頭控制火車行進。
擊敗了一條突然出現的大蠍子後，兩人開始合作尋找前往車頭的道路。
兩人利用［勾槍］開拓了二樓的道路，在其中一個房間獲得了關鍵道具，藉此得以前往車頭，只見全副武裝的士兵自稱［Delta小隊］，並且透過無線電正在匯報火車情況。
無線電另一頭正是日後遭到［G病毒］感染的威廉博士，以及之後洋館事件中的幕後黑手威斯卡，此時他們正思考著［T病毒］洩漏的原因，但無論如何，當務之急就是摧毀整輛火車，以防消息走漏。
但此時異變突生，水蛭襲擊了［Delta小隊］，蕾貝卡兩人為了停下急駛的火車，以手動的方式強行煞車，但火車最後還是在進入一處隧道後，徹底翻覆毀掉了，所幸兩人只受輕傷並無大礙。
四處探查後，來到一處洋館樣的［保護傘研究中心］，大廳上掛著的人物畫像正是第一任所長馬可斯博士，蕾貝卡一見到畫像，頓時發現這長相與火車上遇到的水蛭怪物一模一樣。
另一邊威廉、威斯卡透過監控系統，發現蕾貝卡兩人的行蹤，正想著如何對付兩人時，神秘的白衣男子透過監控出現在威廉等人面前，並且承認是他將［T病毒］散播出去的，之所以做這一切，都是對［保護傘］的復仇。
10年前，馬可斯博士遭到［保護傘］的暗殺，如今的白衣男子狀似瘋癲，先不論他是誰，兩人心裡明白，他即將帶來的重大威脅。
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