主角叫做瑞娜，開場就是她在夢中看到［奇蹟製造機］凱琳可見是天命之人，她與擅長治療的妖精艾琳莉以加入［斷罪之翼］為目標。
但一個叫做［黑塔］的組織進攻她們所在的［聖輝院］，［黑塔］的目的是解放［原罪封印］，敵軍勢大難以匹敵，加上封印已被解開，於是她們的老師米娜只能帶弟子先逃跑，隨後遇到來援的［斷罪之翼］威爾，為了調查誰透露［聖輝院］所在，米娜將兩個徒弟交給威爾後，就獨自前往［聖都尼魯］。
威爾有一艘飛空艇，上面還有吉祥物小跟班阿吉，一路上這四人目睹反常的［獸潮］與人們失控的情緒，這一切都跟原罪解封有關，為了找尋事情突破口，一行人照著米娜的建議去尋找永生賢者賽莉耶。
在迎戰入侵飛空艇的魔物［格里芬］時，賽莉耶如天神降世出現，並且幫助眾人解決魔物，為了應付眼前原罪解封的現況，賽莉耶破例讓瑞娜、艾琳莉接受加入［斷罪之翼］的考核，內容就是回收［原罪］重新封印，因為才剛解封，與宿主結合並不完全，正所謂趁你病要你命。
另外瑞娜的體質特殊，對［原罪］的感應特別敏銳，於是賽莉耶將［封印之匣］交給她使用，接下來的目標就是貿易之都［香格里拉］，那裡訊息匯聚，一定能找到有用的情報。
在路途中，一行人遇到漢克父女，他女兒莉莉絲被村人當作不祥的存在，因此兩人的生活並不好過，而莉莉絲體內似乎有股邪惡的力量，她本人怕這股力量傷害到其他人，所以在即將失控的時候跑走。
另外莉莉絲與［龍行商會］的少主帕丁森交往，但會長帕龍十分反對兩人在一起，加上最近父女賣給［香格里拉］治安官的薔薇花一夜之間變成可怕的荊棘，這造成許多人的傷害，導致莉莉絲正在被通緝，而此時她早就被［龍行商會］抓住。
事實的真相浮出水面，［龍行商會］是［黑塔］的外圍組織，他們早在原罪解封之前就將莉莉絲當作原罪的宿主，因此派出少主帕丁森去玩弄她感情，藉此引出負面情緒，卻沒料到帕丁森竟然對她產生感情，還想趁機放走莉莉絲。
得知真相的莉莉絲逐漸被［憎惡］吞沒，這時帕龍意識到［黑塔］似乎想利用帕丁森的性命，完全解放莉莉絲體內的［憎惡］，所以背叛［黑塔］轉而幫助瑞娜一行人，只是這也在［黑塔］的預料之中，潛藏在身旁的臥底看準機會結果漢克的性命，失控的莉莉絲被［憎惡］掌控，化身成可怕的荊棘魔女。
但畢竟原罪解封後不過五六天，在瑞娜的聲聲呼喚下，莉莉絲靠自身意志將［原罪.憎惡］從體內撥離，眾人終於成功將其封印。
然而［黑塔］的目標並不是［原罪］本身，而是其催生的［罪之果］，這一點瑞娜一行人還未發現。
